Plateforme Gencyane : Genotypage et Séquençage haut débit en Auvergne

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Présentation

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La plateforme Gentyane de services génomiques en Génotypage et Séquençage à Haut Débit, est rattachée à l’UMR INRA-UCA 1095 Génétique Diversité et Écophysiologie des Céréales. Gentyane développe :
  1. une activité de recherche et de développement sur les technologies de génotypage et séquençage en lien avec les équipes de recherche de l’UMR GDEC;
  2. une activité de prestation de service de génotypage et séquençage pour le compte d’autres équipes INRA ou d’autres organismes publics et privés;
  3. une veille technologique permettant de mettre en place de nouveaux outils répondant mieux, plus rapidement et à un coût moindre aux attentes des utilisateurs.
La plateforme est certifiée ISO 9001 : 2015 et NF-X 50-900 2016, labellisée Infrastructure Scientifique Collective en septembre 2018.

Nos offres de service

Prestations pouvant être proposées :

Prestation en production Haut-Débit :

  • Génotypage : Microsatellites (SSR), Single Nucleotide Polymorphism (SNP), variations structurales (CNV)
  • Séquençage : Longues lectures (PacificBiosciences Sequel 1M et 8M)
  • Optical Mapping : Cartes optiques (Saphyr BionanoGenomics)

Applications Génomiques proposées :

  • Séquençage et assemblage de génomes complexes
  • Analyse de variants structuraux (SNP Single Nucleotide Polymorphism, SSR Simple Sequence Repeat, CNV Copy Number Variation) pour caractérisation diversité phylogénétique
  • Analyse expression.

Applications Génomiques en développement :

  • Séquençage génomes complexes : association de techniques pour l’obtention d’un service novateur : Pacific Biosciences Sequel 8M + Bionano Genomics Saphyr ( et/ ou TEN X Genomics). Associés aux outils bioinformatiques classiques d’assemblage des génomes (en lien avec la plateforme SIBI), ce service permettra à terme de proposer un service clé en main d’analyse de la structure de tout génome complexe.

Moyens technologiques / installations / équipements

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equip2
equip3
Equipements
Marque Modèle
Affymetrix Genetitan 1 AFFYMETRIX Axiom
Affymetrix Genetitan 2 AFFYMETRIX Axiom
BIOMARK FLUIDIGM BIOMARK
BIOMEK FX dual 96/384 BECKMAN FXp
BIOMEK FXp dual span8 Affimetrix BECKMAN FXp
OMEK FXp dual span8 (upgrade du FX) BECKMAN FXp
Blue pipin Sage Science Blue Pippin
Broyeur à plaques SPECKS GenoGrinder 2010
Covaris Kbioscience M220
Dropsense 16 Proteigene Dropsense16
Electrophorese 96 capillaires APPLIED BIO ABI 3730XL
Fragment Analyser 12 Advanced Analytical Fragment Analyser 12
Fragment Analyser 96 Advanced Analytical Fragment Analyseur 96
HAMILTON STAR HAMILTON STAR
HAMILTON STARLET HAMILTON STARLET
JUNO Fluidigm JUNO System
LC480 ROCHE LightCycler 480 II
Lecteur de plaques TECAN Infinite 1000
Megaruptor Diagenode Megatruptor
Pippin pulse Sage Science Pippin pulse
Robot Extraction ADN Oktopure LGC Genomics Oktopure
SEQUEL 1M Pacific biosciences SEQUEL 1M
SEQUEL 8M Pacific biosciences SEQUEL 8M
5 thermocycleurs 384 Eppendorf Mastercycler pro 384
111 thermocycleurs 384 APPLIED BIO VERITI
3 thermocycleurs 96 APPLIED BIO VERITI
Thermosoudeuse automatique AGILENT PlateLoc
Viaflo 96 INTEGRA VIAFLO96
FemtoPulse Advanced Analytical FemtoPulse
Saphyr Bionanogenomics Saphyr
Robot pipeteur I7 BECKMAN I7


Exemples de réalisations

  • Réalisation de 622 projets en 10 ans
  • Collaboration dans de nombreux projets PIA : BreedWheat, Amaizing, Sunrise…
  • Collaboration dans de nombreux projets européens FEAMP : Genesea, NeoBio, S’Sturgeon…

Partenariats

Gentyane est service provider pour les technologies de séquençage Pacific Biosciences, de carte optique Bionano Genomics et le génotypage sur puces Axiom Affymetrix.