CULTUROMIQUE

La plateforme Culturomique est rattachée à la Fédération des Recherches «Systèmes Microbiens» (SysMic) de l’Université Clermont Auvergne. Cette fédération est composée de 4 unités porteuses (LMGE, M2iSH, MEDIS, UMRF) et d’équipes de 7 unités associées (Institut Pascal, Institut de Chimie, GDEC, EPIA, UMRH, UREP, URNH).
C’est un partenaire privilégié dans la réalisation de projets scientifiques en lien avec la microbiologie.

Les équipements seront accessibles en autonomie aux utilisateurs sous réserve d’avoir suivi une formation préalable auprès des référents de chaque équipement de la plateforme.
La complémentarité de ces outils va permettre de :

• Dénombrer, caractériser, isoler les microorganismes d’écosystèmes variés (aquatiques, sols, atmosphères, plantes, animaux, hommes…).
• Cultiver les microorganismes en conditions planctoniques, biofilms, en anaérobiose.
• Quantifier directement un élément de génome (ADN ou ARN) dans un échantillon biologique ou environnemental.
• Étudier les interactions de microorganismes avec des cellules eucaryotes.

Les équipements sont localisés au CBRV site Dunant de l’UCA et sont sous la responsabilité de référents.

L'enceinte anaérobie est équipée de 4 gants (2 personnes), d’un incubateur thermostaté et d’une atmosphère anaérobie contrôlée (N₂/CO₂/H₂ 90/5/5). Cette enceinte permet la préparation, la culture et/ou l'isolement de microorganismes anaérobies.
 

Sylvain DENIS (MEDiS) / Sylvie MIQUEL (LMGE) / Adeline SIVIGNON (M2iSH)

Le CellZscope2 (nanoAnalytics) permet l’étude de l’influence de substances, toxines, molécules ou microorganismes sur la perméabilité de la couche cellulaire par le suivi de l’impédance (TER + capacitance). Cette approche est en temps réel, directe (sans marqueur), adaptable à différents modèles cellulaires et nécessite peu de matériel (inserts de 6,12 ou 24 puits).
 

Adeline SIVIGNON (M2iSH) / Marjolaine DELABRE, Sylvie MIQUEL (LMGE)

L’easySpiral Dilute® est conçu pour diluer un échantillon jusqu’à une dilution de 10^-5, puis ensemencer automatiquement des boites de Petri rondes de 90 ou 150 mm suivant différents modes (exponentiel, constant, cercle, masse) afin de standardiser les ensemencements et faciliter le dénombrement des colonies bactériennes. Il permet un ensemencement de plusieurs dilutions par boite et donc une économie de consommables non négligeable.
 

Caroline CHEVARIN (M2iSH), Michaël RODRIGUES (M2iSH), Nicolas CHARBONNEL (LMGE)

Ce compteur automatique permet le dénombrement des colonies bactériennes sur boite de Pétri rondes 55, 90, 100, 150 mm et boites carrées 120 mm avec un ensemencement manuel ou automatique grâce à l’easySpiral Dilute®. Il peut dénombrer les colonies sur géloses chromogènes, membranes de filtration et lire des antibiogrammes.
 

Caroline CHEVARIN (M2iSH), Michaël RODRIGUES (M2iSH), Nicolas CHARBONNEL (LMGE)

Cet automate possède 1 bras avec 8 canaux indépendants permettant le pipetage de volume de 1 à 1000 µL et 1 bras de déplacement pour les microplaques format SBS et boites de Pétri 90 mm. Son utilisation permet la répartition de liquides, dilutions sériées en microplaques etc…L’automate est couplé au module Pickolo® qui permet de repiquer des colonies à partir d’une boite de Petri ronde de 90 mm et de les ensemencer dans une microplaque 96 puits. La sélection des colonies peut se faire par leur taille, leur couleur et leur forme ou leur fluorescente (GFP). Son utilisation requiert la création et la validation du script informatique correspondant aux applications souhaitées. Les consommables utilisés doivent être standardisés et de même référence.

Frédéric FAURE (M2iSH), Laurent NAKUSI (LMGE)

Le système BioFlux permet de réaliser des essais basés sur les cellules dans des conditions physiologiques d'écoulement. Grâce à l’utilisation de microplaques avec un composant microfluidique intégré, un flux variable et contrôlé (0,1-200 dyne/cm²) est obtenu dans le canal de la microplaque. Ce système permet l’étude de la formation de biofilm, de cellules adhérentes sous un flux. Un microscope inversée à épifluorescence (enceinte thermostatée, contrôleur CO², Apotome, platine motorisée,…) permet une imagerie automatisée pour l’analyse de cellules vivantes sous flux de cisaillement.
 

Damien BALESTRINO (LMGE)

C’est un lecteur de plaques multimode doté de capacités d’imagerie par fluorescence et de cytométrie qui permet de nouvelles possibilités pour les recherches sur les cellules. En associant l'imagerie des cellules vivantes à des technologies de détection de pointe, les informations qualitatives et quantitatives sont regroupées dans des ensembles de données multi-paramètres uniques. Il y a trois modes de lectures : Absorbance : monochromateur, UV/Visible de 200 nm à 1000 nm, en point final ou cinétique, Fluorescence : Double monochromateur, Excitation 230-900nm Emission 280-900 nm, lecture par le dessus et/ou dessous, fluo en temps résolu TR, Luminescence : 38 filtres, scans de luminescence de 390 nm à 660 nm, mesures multiplex. Pour l’imagerie : un champ clair, 4 couleurs fluorescentes (bleu, vert, rouge et proche IR), 3 objectifs (x2, x4 et x10), contraste de phase numérique et autofocus à base de LED sont disponibles.
 

Caroline CHEVARIN (M2iSH), Damien BALESTRINO (LMGE)

La PCR digitale permet de quantifier directement un élément de génome (ADN ou ARN) dans un échantillon biologique ou environnemental. Elle permet une quantification absolue des acides nucléiques de façon indépendante de l’efficacité de PCR. Son principe est de répartir l’ADN dans plusieurs milliers gouttelettes (10°000 à 20°000) réalisant autant de PCR indépendantes. La détection de la réaction de PCR se fait en point final, basé sur la détection d’une fluorescence. La quantification de la cible de l’échantillon ne nécessite pas de courbe d’étalonnage.
 

Damien BALESTRINO, Jérôme LESOBRE (LMGE), Pierre SAUVANET (M2iSH)