Plate-Forme d’Exploration du Métabolisme (PFEM)

Présentation

La Plate-Forme d’Exploration du Métabolisme (PFEM) est une plateforme technologique et scientifique qui accompagne des projets de métabolomique et protéomique. Cette structure commune INRA-UCA, labellisée IBiSA et certifiée ISO 9001 et NF X50-900, est membre de l’infrastructure nationale (PIA) MetaboHUB (MTH ; www.metabohub.fr) qui a pour but de développer des outils, des méthodologies et d’accompagner de grands projets impliquant des approches de métabolomique et de fluxomique.

Nos offres de service

Analyses à haut débit de fluides biologiques (urines, plasmas, extraits de microorganismes…) par LC-MS/RMN. Préparations standardisées et automatisées des échantillons.
  • Détermination de profils métaboliques par LC-MS/RMN.
  • Traitement des données et analyses statistiques.
  • Identification de biomarqueurs par LC-MSMS et RMN 2D.
  • Analyse LC-RMN

Moyens technologiques / installations / équipements

  • Robot SamplePro Tube (Bruker) préparateur d’échantillons pour analyses LC-MS et RMN/SamplePro Tube (Bruker) robot for sample preparation for LC-MS and NMR analysis.
 
  • Spectromètre de masse ESI-Tof de type micrOTOF (Bruker) couplé à une fast-LC 1200 Series (Agilent)/ ESI-Tof mass spectrometer, (micrOTOF Bruker) coupled to a Fast-LC (1200 series, Agilent).
 
  • Spectromètre de RMN 500MHz Ultrashield Plus AVANCE III, équipé d’un passeur d’échantillons réfrigéré SampleJet et d’une sonde Prodigy TCI 5mm (Bruker)/500MHz AVANCE III Ultrashield NMR spectrometer equipped with a cryoprobe (Bruker).

Exemples de réalisations

La composante UCA de la PFEM est adossée à l’Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF) et partenaire au sein du service UCA-PARTNER (http://start.univ-bpclermont.fr/rubrique26.html). Son cœur d’expertise se positionne principalement en lien avec les thématiques de l’équipe BIOMETA (métabolisme microbien des nuages et des sols). Plus largement, la PFEM-UCA s’intéresse à l’impact de facteurs environnementaux (effets climatiques, pesticides et médicaments, etc.) sur le métabolisme cellulaire, principalement microbien (souches pures et consortia). Nos collaborations locales s’appuient sur l’ensemble des laboratoires de la Fédération de Recherches en Environnement (FRE CNRS3467 / INRA).
Exemples de projets en cours :
  • Etude des stress atmosphériques : thermique (biocloud ; ICCF, Clermont-Ferrand), oxydatif (peroxomic ; ICCF, Clermont-Ferrand), toxique/mercure (ANR inhale ; ICCF, Lyon-Grenoble), temporel (Manip10ans ; ICCF, Clermont-Ferrand).
  • Adaptations métaboliques de l’abeille : nosémose (metabolobees ; LMGE, Clermont-Ferrand), effet combiné de stresseurs (ANR beeloss ; LMGE, Clermont-Ferrand).
  • Physiologie de l’arbre : nutrition azotée et débourrement (PopSapNitrOmic ; PIAF, Clermont-Ferrand).
  • Impact des ruminants sur l’effet de serre : (RedNex ; UMRH, Clermont-Ferrand), (Rumen stability ; UMRH, Clermont-Ferrand), (Methane In Vitro ; UMRH, Clermont-Ferrand), (Monascus ; UMRH, Clermont-Ferrand).
  • Physiologie de l’hibernation : (Ours ; Strasbourg).
  • Métabolisme extracellulaire : Rémanence de voies enzymatiques dans le sol (Exceed ; LMGE-UREP, Clermont-Ferrand).