Plate-Forme d’Exploration du Métabolisme (PFEM)

Présentation

La Plate-Forme d’Exploration du Métabolisme (PFEM) est une plateforme technologique et scientifique qui accompagne des projets de métabolomique et protéomique. Cette structure commune INRAE-UCA, labellisée IBiSA et certifiée ISO 9001 et NF X50-900, est membre de l’infrastructure nationale (PIA) MetaboHUB (MTH ; www.metabohub.fr) qui a pour but de développer des outils, des méthodologies et d’accompagner de grands projets impliquant des approches de métabolomique et de fluxomique.

Nos offres de service

La plateforme d'exploration du métabolisme est une plateforme technologique et scientifique qui accompagne des projets en nutrition, santé, environnement et qualité des produits alimentaires. Cette structure a pour objectif de développer et mettre à disposition des outils et méthodes en métabolomique, fluxomique et protéomique.
  • Détermination de profils métaboliques et identification de biomarqueurs sur biofluides et tissus.
  • Quantification de petites molécules présentes dans les différents compartiments d'organismes.
  • Fluxomique : mesures d'enrichissement isotopique pour le calcul de débits métaboliques.
  • Identification, caractérisation et quantification "label free" de protéines et peptides.
  • Protéines / lipides : imagerie MALDI sur coupes histologiques.

Moyens technologiques / installations / équipements

  • Robots préparateurs d'échantillons pour analyses par spectrométrie de masse et RMN.
 
  • Spectromètres de masse : LCHRMS, GCHRMS, LC-MS, GC-MS, GC-C-IRMS, Maldi-ToF.
 
 
  • Spectromètre de RMN 500MHz Ultrashield AVANCE III, équipé d’un passeur d’échantillons réfrigéré SampleJet et d’une sonde Prodigy TCI 5mm (Bruker).

Exemples de réalisations

Etudes en nutrition / santé

  • Food metabolome (ANR Phenomenep, JPI Foodball, UNH Clermont-Fd);
  • Biomarqueurs précoces de pathologies métaboliques (EUFP7NU-Age UNH Clemrmont-Fd);
  • Biomarqueurs prédictifs (Metaprogramme Diapason UNH Clermont-Fd, projet INCa Metabo-KS EREN, Paris).

Etudes en microbiologie et environnement

  • Etudes des stress atmosphériques;
  • Thermique (biocloud, ICCF, Clermont-Fd);
  • Oxydatif (peroxomic, ICCF, Clermont-Fd);
  • Toxique / mercure (ANR inhale, ICCF, Lyon-Grenoble);
  • Adaptations métaboliques de l'abeille : nosémose (metabolobees, LMGE, Clermont-Fd); effet combiné de stresseur (ANR beeloss, LMGE, Clermont-Fd).

Etudes dans le domaine qualité des produits alimentaires

  • Mise au point d'une "standard Operating Procedure" pour la détection d'une toxine bactérienne (Tox-Detect. OHEJP, UMR MEDiS, Clermont-Fd);
  • Analyse peptidomique de digestats (GlutNSafe, IFSOV, UMR GDEC et UR QuaPA Clermont-Fd);
  • Etudes des biofilms de Listeria monocytogènes par IMS et LC-MS / MS (List-MAPS, ITN, UMR MEDiS, Clermont-Fd);

Témoignages

Blandine COMTE - Directrice de recherche
UNH - Unité de Nutrition Humaine

Intéressée par l’approche métabolomique dans le cadre de mes recherches, j’ai collaboré avec la PFEM pour identifier des biomarqueurs précoces et prédictifs d’une pathologie : le syndrome métabolique.
Outre la réalisation des analyses, la PFEM m’a accompagnée tout au long du projet, notamment dans le traitement statistiques de ces données complexes et l’annotation des marqueurs. La valorisation de ce travail a été grandement améliorée grâce à cette collaboration multidisciplinaire.
Martine MORZEL - Chargée de recherche
STLO - Science et Technologie du Lait et de l’Oeuf

Dans un projet européen visant à identifier des marqueurs liés à la diète et à la santé, nous nous sommes intéressés plus particulièrement à l’analyse du protéome salivaire. J’ai choisi de faire appel à la PFEM une nouvelle fois : écoute mutuelle sur les aspects techniques et scientifiques, qualité des données analytiques et accompagnement jusqu’à la valorisation des résultats, c’est une collaboration réussie !